Seiring berjalannya waktu, masyarakat Maluku menderita oleh keserakahan Portugis dalam memperoleh keuntungan atas rempah-rempah di Nusantara.
Akhirnya hingga akhir abad ke-16 rakyat Maluku melakukan perlawanan terhadap Portugis. Situasi ini oleh Belanda untuk memenangkan hati masyarakat Maluku dan menjejakkan riwayatnya di tanah Maluku.
Setelah Belanda datang dan menguasai Pulau Ambon pada tahun 1605, mereka mengalahkan Portugis dan mengambil alih loji Portugis tersebut. Mereka mengubahnya menjadi kubu pertahanan oleh Gubernur Jenderal Jaan Ottens pada tahun 1637.
Hal ini juga di dukung dengan terbentuknya Verenigde Oostindische Compagnie (VOC). Perubahan fungsi loji karena saat itu sedang terjadi pertempuran antara Belanda dengan Kerajaan Tanah Hitu atau Kerajaan Hitu. Pertempuran tersebut terjadi pada tahun 1633-1654 dan dari Kerajaan Hitu pimpinan Kapitan Kakialy. (MMS)