Kesultanan Tidore
Raja Ciriliyati menjadi raja Tidore pertama yang memeluk Islam. Setelah masuk Islam, ia bergelar Sultan Jamaludin. Proses Islamisasi di Kesultanan Tidore difokuskan pada pembangunan madrasah dan masjid sebagai sarana pendidikan dan tempat ibadah rakyat.
Setelah Sultan Jamaludin wafat, kepemimpinan digantikan oleh putranya yaitu Sultan Mansyur. Pada masa ini, Tidore kedatangan bangsa Spanyol. Kehadiran Spanyol membuat Portugis tidak senang, dan berujung pada pergolakan.
Pergolakan tersebut terus dihadapi hingga beberapa pergantian masa jabatan Sultan. Tidak hanya pergolakan dengan Portugis, tetapi juga dengan Belanda.
Tidore kembali bangkit pada masa Sultan Kaicil Nuku yang memiliki gelar kehormatan “Sri Maha Tuan Sultan Syaidul Jihad Amiruddin Syaifuddin Syah Muhammad El Mabus Kaicil Paparangan Jou Barakati”.
Dalam masa pemerintahannya, wilayah kekuasaan Tidore mencakup hingga di Papuan bagian Barat, kepulauan Kei, kepulauan Aru, bahkan sampai di kepulauan Pasifik.
Pada tahun 1805 Sultan Kaicil Nuku wafat. Sultan-sultan penerusnya sering terlibat konflik dalam perebutan kekuasaan. Selain itu intervensi Belanda dakan setiap proses peralihan kepemimpinan di Kesultanan Tidore juga membuatnya semakin mengalami kemunduran.
Kerajaan Jailolo
Berdasarkan Nagarakertagama yang ditulis oleh Mpu Prapanca, kemungkinan Kolano (raja) pertama Jailolo adalah seorang perempuan yang menikah dengan Raja Loloda, sebuah kerajaan di bagian utara pulau Halmahera.
Diperkirakan pada pertengahan abad ke-13, Kerajaan Jailolo pernah berada di bawah kekuasaan Syarif, orang dari Mekkah yang juga merupakan adik dari Sultan Mendanao dan Sultan Borneo.
Setelah berdirinya kerajaan Ternate, eksistensi kerajaan Jailolo mulai terancam. Antara 1521-1550, Jailolo bersekutu dengan Tidore dan Spanyol melawan Ternate dan Bacan yang bersekutu dengan Portugis.
Pada tahun 1534, Katarabumi diangkat menjadi Kolano. Katarabumi memiliki kekuatan perang yang ditakuti bagi kerajaan Maluku lain. Sejak wafatnya Katarabumi, Kerajaan Jailolo tidak memiliki pemimpin yang cakap. Raja terakhirnya adalah Kaicil Alam yang wafat pada tahun 1684.